Gerhard Weinberger studierte an der Hochschule für Musik und Theater in München Orgel (Franz Lehrndorfer), Kirchen- und Schulmusik. 1971 war er Preisträger im Fach Orgel beim internationalen Musikwettbewerb der deutschen Rundfunkanstalten (ARD). Nach einer dreijährigen Tätigkeit als Chordirektor an der Basilika St. Lorenz in Kempten wurde er 1974 als Dozent für Orgel und Kirchenmusik nach München berufen. Drei Jahre später erhielt er dort eine Professur für Orgel. Seit 1983 unterrichtet er als Professor für Orgel an der Hochschule für Musik in Detmold, wo er die Abteilung Kirchenmusik sowie seit 2004 auch das Vokalsolisten-Ensemble der von ihm neu gegründeten Barockakademie der Hochschule leitet. Er ist Mitglied der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste und des Direktoriums der Neuen Bachgesellschaft Leipzig.Zahlreiche Konzerte im In- und Ausland, im Jahre 2000 mehrmals zyklische Gesamtaufführung des Bachschen Orgelwerkes, zahlreiche CD-Aufnahmen (u. a. das gesamte Orgelwerk von J. S. Bach auf historischen Instrumenten der Bachzeit), Schallplattenpreise, Jurytätigkeit, zahlreiche Editionen von Orgel- und geistlicher Chormusik (darunter das gesamte Orgelwerk von Johann Ludwig Krebs und Robert Schumann) sowie die Veröffentlichung des Buches »Zur Interpretation der Orgelmusik J. S. Bachs«.