Florian Eggner wuchs in St. Florian auf und erhielt seinen ersten Cellounterricht von Thomas Wall und Wilfried Tachezi. Nach frühen Erfolgen beim nationalen Musikwettbewerb Prima la Musica setzte er seine musikalische Ausbildung an der Universität für Musik und darstellende Kunstin Wien fort. Wolfgang Herzer, ehemaliger Solocellist der Wiener Philharmoniker,und Clemens Hagen am Mozarteum Salzburg waren die prägenden Lehrer im Hauptfach Violoncello. Neben seiner Tätigkeit als Solist und Pädagoge sowie der Mitwirkung an Rundfunk- und Tonträgerproduktionen ist Florian Eggners künstlerisches Zentrum das mit seinen Brüdern Georg (Violine) und Christoph (Klavier) gegründete Eggner Trio. Erste Preisebeim Internationalen Brahms Wettbewerb Pörtschach 1999 und beim Internationalen Kammermusikwettbewerb Melbourne 2003 standen am Beginn einer Karriere, die das Eggner Trio bisher in viele Länder Europas, nach Argentinien, Australien, Japan, Neuseeland, Tunesien, Uruguay und in die USA geführt hat.
